甘肃民勤连古城国家级自然保护区是在原连古城省级自然保护区面积扩大后，于2002年7月经国务院批准晋升为国家级自然保护区，2005年8月经甘肃省编委办、省林业厅批准成立甘肃民勤连古城国家级自然保护区管理局，县级建制，隶属甘肃省林业和草原局。管理局内设办公室、组织人事科、计划财务科、保护监测科、科研管理科、信息管理科，下设红崖山、连古城、勤峰、黄岭、三角城、南湖、花儿园7个保护站。